A főhős, Kudó Sinicsi, 17 éves középiskolai diák. Kitűnő tanuló, társaihoz képest kiemelkedő intelligenciával, aki szabadidejében a helyi rendőrség munkáját segíti. Egyik nyomozása során egy veszélyes bűnbandát próbál meg lefülelni, ám az akció balul sül el: csapdába csalják és leütik. Ellenfelei egy kísérleti mérget adnak neki, ami nem öli meg, csak visszaformálja testét 10 évvel korábbi állapotába.

Hogy elrejtse személyazonosságát támadói elől, felveszi az Edogava Conan nevet. Továbbá beköltözik gyerekkori barátjához, Móri Ranhoz, és a magánnyomozó apjához, Móri Kogoróhoz, annak reményében, hogy megtalálja a támadóit. Mivel nyomozói képességei nem változtak, tovább folytatja a bűnügyek megoldását, amiben a szomszédjától és barátjától, Agasza professzortól kapott szerkezetet segítik.

Mivel gyerekként nem vennék komolyan a felnőttek, általában Móri Kogoró nevében beszél (őt elaltatja és hangmodulátor segítségével utánozza a hangját). A babérokat így Kogoró aratja le, aminek köszönhetően az ő üzlete is fellendül.

Emellett Conan-nek újra be kellett iratkoznia általános iskolába, ahol három osztálytársával alkotja az Ifi Detektívek-et.